Постановлением также предусмотрен ряд исключений, в частности:

в отношении проверок лиц деятельность (объекты) которых отнесены к категориям высокого риска (классам опасности); а также, в отношении которых установлен режим постоянного госконтроля (надзора);

субъектов МСП при наличии информации о вступившем в силу постановлении о назначении административного наказания за совершение грубого нарушения, либо принятом решении о приостановлении (аннулировании) лицензии, и с даты окончания проверки, по результатам которой вынесено соответствующее постановление (решение), прошло менее 3 лет.

Не отменяются также проверки лицензионных требований, внешнего контроля качества работы аудиторских организаций, проводящих обязательный аудит; федерального госнадзора в области использования атомной энергии. обязательств по договорам потребительского кредита (займа).